Grazie alla collaborazione in code share con altre compagnie offre inoltre voli per Cefalonia, Ioannina, Kavala e Lemnos.
Alle destinazioni in Grecia si aggiungono quelle verso diverse città e capitali europee o della Turchia, anche questi sono comunque serviti su aerei di altre compagnie.
Prenotazione e pagamento online. Il checkin può invece avvenire via web, da un cellulare smartphone o direttamente dagli sportelli automatici in aeroporto.
E' possibile far viaggiare anche bambini non accompagnati, trasportare animali sia in cabina (fino a 8Kg di peso) o nella stiva, e soli bagagli.
I prezzi sono solitamente abbastanza convenienti, specialmente se si tratta di destinazioni principali senza scali e con un adeguato anticipo nella prenotazione. A titolo di esempio, un volo da Roma ad Atene acquistato 2 mesi prima può costare anche meno di 40 euro, cifra a cui vanno comunque aggiunte le tasse. Interessante a tal proposito l'indicazione dei prezzi per i giorni immediatamente successivi o precedenti ad una data indicata, ottima per spuntare il prezzo migliore. Naturalmente sono previsti strumenti e filtri per scegliere velocemente l'orario di partenza e ritorno,
Alcuni voli prevedono diverse tipologie di tariffe in base ai servizi offerti:
- Saver - la più economica, cambio volo con penalità di 40€, no rimborso in caso di cancellazione, bagaglio fino a 20Kg
- Semiflex - cambi con penale di 30€, non rimborsabile, sconto 33% per bambini
- Flex - la più flessibile, cambi gratis, rimborso con penale di 20€, sconto 33% per bambini
- Business - come sopra ma con due bagagli fino a 32Kg l'uno
Attualmente è prevista una promozione che prevede sconti del 30% per tutte le tratte verso la Grecia. Periodicamente vengono comunque presentate offerte e last minute, anche se con posti disponibili limitati.
Per offrire un servizio più completo possibile ai propri utenti, sono presenti opzioni per la prenotazione di soggiorni in hotels, noleggio automobile, escursioni, crociere e mini crociere, spesso corredate da valutazioni e recensioni di altri utenti che hanno già provato tali attività. A ciò si aggiunge una eventuale assicurazione di viaggio realizzata in collaborazione con Mondial Assistance.
Infine segnalo il programma premio Miles&Bonus con cui è possibile ottenere sconti o particolari vantaggi per i clienti che effettuano frequenti voli con la Aegean airlines. Il suo funzionamento è molto simile al club Millemiglia di Alitalia.